مرگ کوروش کبیر در حدود سال ۵۲۹ پیش از میلاد، در سال بیستوهشتم یا سیاُم سلطنت او بر انشان و بیستودوم پس از فتح پادشاهی ماد اتفاق افتاد. روایات مختلفی دربارهٔ مرگ کوروش وجود دارد. بیشتر تاریخدانانی که در مورد مرگ او نوشتهاند آن را در جنگ با یکی از طوایف سکایی در شمالشرق ایران گزارش کردهاند. اما در مورد نام قومی که کورش در جنگ با آنان کشته شده یا زخمی و بر اثر جراحت آن کشته شد، اختلاف است.
هرودوت آن را ماساگت نامیده، کتزیاس دربیک و برس کلدانی هم دها، که هر سه از اقوام ایرانی سکایی بوده که در فاصلهٔ گرگان تا ورای دریاچهٔ خوارزم و سیردریا سکونت داشتهاند.
نتیجهٔ جنگ هم مشخص نیست. بهگفتهٔ هرودوت سپاه کوروش شکست خورد، بهگفتهٔ کتزیاس با کمک یکی از اقوام سکایی پیروز شد و هردوت میگوید کوروش بایک راهبردی که در یک پادگان که نیروهای کوروش در آن اقامت داشتند در حملهٔ ماساگتها به شکل ساختگی فرار کرده و در آن شرابهای بسیاری به عنوان غنیمت بجا گذاشته سربازان ماساگت نوشیده و از حال خود خارج شدهاند و در حملهٔ کوروش نیروهای مست شکست میخورند. هرودوت مینویسد این نبرد، خونینترین جنگی بود که توسط «بربرها» صورت گرفته بود.
بنابر گزارش مورخان یونانی، کوروش در جنگ با ماساگتها ۲۰۰ هزار مرد جنگی را از دست داد که اغراق آشکاری است.
از نگاه داندامایف داستانهای روایتشده توسط مورخان یونانی بیشتر از آنکه شرح یک رویداد واقعی باشند، رنگ و بوی یک رمان را دارند.[۸] اگرچه حقیقت دقیق مرگ کوروش را نمیدانیم، اما مشخص است که او در پاسارگارد دفن شدهاست.
این حقیقت ممکن است که گفتههای هرودوت را دروغ جلوه دهد اما ممکن است جنازهٔ کوروش از دشمن پس گرفته شده و به پایتخت آورده شده باشد. ریچارد فرای میگوید احتمالاً داستان هرودوت ساختگی است، اما گرفتن آسیای میانه توسط کوروش صحیح است زیرا دورترین شهری که در سغد وجود دارد، سایرسچَتا (سایروپولیس) نام دارد که گستردگی فتوحات شرقی او را ثابت میکند.
کتزیاس میگوید که کمبوجیه باگاپاتس – یکی از درباریان – را همراه جسد کوروش به مراسم دفن فرستادهاست.
انتقال پیکر کوروش، یکی دیگر از نشانههای نادرست بودن جنگ کوروش با ماساگتهاست؛ زیرا اگر تهمرییش، کوروش را کشته و سر او را بریده باشد، چگونه هخامنشیان توانستهاند با سپاهی شکستخورده جسد را از آنان پس بگیرند و آن را به درون قسمتهای داخلی ایران وارد کنند؟[۱۳]
در دوازدهم اوت ۵۳۰ پیش از میلاد، زنی بابلی به نام «بورسیپه» زمینی را در نزدیکی دروازهٔ سنگبراق به نام یکی از خویشاوندانش کرد. تاریخ این لوحی گلی که به دبیرهٔ میخی اکدی نوشته شده بود، «نهمین سال کوروش، شاه کشورها» را نشان میداد.
در سیویکم همین سال در پایتخت بابل، مردی بابلی الاغش را فروخت. تاریخ این لوح مربوط به «سال آغاز فرمانروایی کمبوجیه، شاه کشورها» ست. این دو سند که در ظاهر اهمیت چندانی ندارند، در واقع نشان میدهند که کوروش در فاصلهٔ میان ۱۲ تا ۳۱ اوت سال ۵۳۰ پیش از میلاد درگذشتهاست یا حداقل، خبر درگذشت وی و بر تختنشینی کمبوجیه در این تاریخ به بابل رسیدهاست